01 de março de 1553 Duarte da Costa é nomeado Governador-Geral do Brasil em substituição a Tomé de Sousa.

Duarte da Costa foi um nobre e administrador colonial português. Membro do Conselho Real, foi embaixador na corte de Carlos I de Espanha. Foi nomeado como segundo governador-geral do Brasil (1553-1558).
Desembarcou na Bahia em 1553, trazendo uma comitiva de 250 pessoas, entre elas o noviço José de Anchieta, que seria responsável, mais tarde, juntamente com o padre Manuel da Nóbrega, pela fundação do Colégio jesuíta na vila de São Paulo.
Importantes acontecimentos marcaram a sua gestão:

combateu as tribos indígenas do Recôncavo da Bahia, cujos constantes ataques impediam o progresso das povoações de colonos;
organizou entradas no sertão para procurar as desejadas riquezas minerais, pois havia delas abundância nas colônias espanholasna região andina;
o incidente entre o primeiro bispo, D. Pero Fernandes Sardinha e o filho de Duarte da Costa, D. Álvaro da Costa, onde diante das críticas do bispo à agressividade e aos maus costumes de D. Álvaro, a população de Salvador dividiu-se em duas facções: uma favorável a D. Álvaro e ao governador; outra, favorável ao bispo. D. Pero Fernandes que foi chamado a Portugal para dar explicações, mas o seu navio naufragou no litoral de Alagoas, tendo os sobreviventes sido mortos e devorados pelos Caetés;
fundação do Colégio dos jesuítas na vila de São Paulo (25 de janeiro de 1554);
invasão da baía de Guanabara, em 1555, pelos franceses, que pretendiam estabelecer uma colônia naquele local (a França Antártica). Como não dispunha de recursos para expulsá-los, o governador nada pôde fazer, sendo preciso esperar a chegada de Mem de Sá.